军团旗帜系统是神域争霸活动中的一个重要战略元素。军团长可以提升军团旗帜的等级以及强度，军团旗帜共有6个等级，等级提升只需消耗军团金币；等级达到6级后，每投入100军团魔石将提升1点军团旗帜强度。每周二、四晚19:25之后，军团信息将无法同步到神域争霸中，所以要提前做好准备。
在圣域的4个插旗备战区的插旗点，军团长或副军团长可任选其一安插军团旗帜。成功插旗后，该军团成员在该圣域被击败或进入该圣域均会传送至此插旗备战区。每个插旗点可安插1面军团旗帜，军团旗帜等级越高，可选择插旗点数量越多。若插旗备战区的插旗点已有军团旗帜，更高等级的其他军团旗帜可以顶替低等级的旗帜，同等级军团旗帜将无法顶替，若军团旗帜达6级之后，则强度高的旗帜将顶替强度低的旗帜。未进行报名登记或报名失败的军团信息将不会同步至神域争霸中，所以不能进行插旗。
军团旗帜系统为军团在战斗中提供了战略优势，合理利用旗帜能更好地组织军团成员进行战斗。军团长需要根据战斗情况和军团成员的分布，合理选择插旗点和提升旗帜等级，以充分发挥旗帜的战略作用，提升军团在战斗中的胜率。
